Suzume, una joven chica de 17 años que vive en un pueblo tranquilo en la región de Kyushu, en el suroeste de Japón. La historia comienza cuando Suzume conoce a un misterioso joven que busca una "puerta". Los dos viajan juntos y encuentran una puerta vieja en una casa abandonada en las montañas. Como si algo tirara de ella, Suzume extiende su mano hacia la puerta, lo que comienza una serie de eventos desafortunados en todo Japón.

La historia comienza en el momento en que el joven Keita Amano se encuentra con una pequeña cápsula en el bosque para después recibir un misterioso reloj. Así es como conoce a un fantasma que se hace llamar Whisper. Este le comenta al chico que el reloj que lleva en su muñeca le ayudará a ver todo tipo de criaturas sobrenaturales, tanto buenas como malas. A partir de ese instante, Keita vivirá una gran aventura. Tendrá que viajar 60 años atrás en el tiempo para conocer a su propio abuelo de joven, y entre los dos tratar de salvar a la humanidad.